C'est tout-à-fait ça !
Le Petit Robert précise effectivement que "second" s'emploie, de préférence, lorsqu'il n'y a que deux objets de même nature, et donne l'exemple du Second Empire. (Il n'y en a pas eu de troisième).
Ce sont précisément "les nuances" qui font la richesse d'expression de la pensée, en français.
Si j'évoque "la seconde guerre mondiale" (celle de 1939 à 1945), je laisse entendre que je n'imagine pas un troisième conflit mondial ...
En parlant de "la deuxième guerre mondiale", on peut laisser percer l'idée qu'un troisième conflit est possible ...
"Deuxième et second" me rappellent (à l'instant même !) une astuce de ma grand-mère, lorsque j'étais petite enfant, pour me faire croire qu'elle n'avait que neuf doigts ...
Elle les comptait, sous mes yeux étonnés, avec gestes à l'appui : "Premier, second, deuxième, troisième, quatrième, cinquième, sixième, septième, huitième et neuvième !"
Elle n'en avait que neuf, en effet ... et pourtant, moi, j'en voyais bien dix ! Lorsque je les comptais : "Un, deux, trois ... " j'arrivais bien à dix !
Elle recomptait : "Premier, second, deuxième ... " elle n'en avait que neuf ! Incompréhensible !